Istniejemy dopiero od 1991 roku. Powstaliśmy na mocy zarządzenia nr 12/91 Kuratora Oświaty i Wychowania w Elblągu jako "jednostka budżetowa podporządkowana Kuratorowi Oświaty i Wychowania" jako II Liceum Ogólnokształcące.

Na mocy Uchwały Rady Powiatu z dnia 01.09.2002r. nasza szkoła zmieniła nazwę na:
Zespół Szkół Ponadgimnazjalnych Nr 2 w Malborku,teraz szkoła to:

1. II Liceum Ogólnokształcące – trzyletnie
2. Liceum Profilowane - trzyletnie
3. Liceum Plastyczne - czteroletnie
4. Szkoła Policealna Nr 2 dla Dorosłych